分子对接 · GramSyntho

① 配体准备 Ligand Preparation

与 SwissDock 对齐的输入方式，并自动识别共价弹头、预计算参数化状态；批量模式为下游 HTS 预演。

输入方式

SMILES 直接输入支持单个或批量（每行一个）

绘制器 Sketcher输入、修改或检查分子

在绘制器中修改后将重新参数化，原文件坐标不再保留

文件上传SDF / MOL2 / PDB，单分子或多分子

含全部氢与 3D 坐标的文件将按原样处理，尽量保留原子命名

库内选取内置化合物库或已保存 HTS 命中集

批量模式

粘贴 SMILES 列表或上传多分子文件，一次任务完成批量对接（为 HTS 预演）

配体列表 · 准备状态

② 靶点与口袋准备 Target & Pocket

默认继承已锚定的细菌靶点；原生支持 WT / 单突变 / 组合突变体，平台自动构建侧链并局部优化。

靶点结构来源

PDB 实验结构 · 1VQQ当前上下文已加载，含口袋与残基注释 AlphaFold 模型无实验结构时使用，标注置信度 上传自定义结构PDB / PDBQT 文件

菌种与突变体选择

野生型 WT仅对接未突变结构 单突变体如 PBP2a N146K 组合突变体同一次任务同时输出 WT 与突变体结果

已关联耐药突变位点（平台自动构建侧链并局部能量最小化，无需手动准备突变结构）

N146K E150K

口袋选择

当前为别构任务：该位点距活性位点约 60 Å，结合可能通过构象调控而非直接竞争发挥效应；采样策略与结果解读标准已相应调整。

启用盲对接 Blind docking（口袋未知或怀疑隐藏别构位点）

结构清理选项

链：A 链保留杂原子配体保留结晶水（高级模式）

③ 对接参数与引擎 Engine & Parameters

双引擎策略：Vina 快速通量优先，Attracting Cavities 精确构象优先；别构任务默认推荐 AC 并提高采样。

计算引擎

AutoDock Vina 快速 · 通量优先

多配体批量预筛、HTS 前的快速排序

Attracting Cavities 精确 · 构象优先别构推荐

关键候选精对接、别构口袋与共价对接

采样强度 Exhaustiveness

24 · 偏高

别构口袋通常更浅、更依赖构象调整，默认偏高采样；正构口袋默认中等（约 12）。

柔性设置

配体柔性默认全柔性，保持全部可旋转键

受体柔性 · 口袋 5 Å 内残基侧链突变体背景下建议开启，以容纳侧链位移

共价对接未检测到共价弹头时不可用

搜索空间 Search Box

中心 18.2 / 24.6 / 9.8盒子中心 (Å)

22 × 22 × 22盒子尺寸 (Å)

10,648 Å³ · 覆盖 96%体积 / 口袋残基覆盖

④ 提交与任务队列 Review & Submit

提交前请检查参数汇总；服务器端执行，本地无需算力。任务将同步出现在平台任务流看板。

参数检查汇总

配体数量3 个（含 1 个共价候选）

靶点版本WT + N146K / E150K 组合突变

口袋别构 P1 · 盲对接关

引擎Attracting Cavities

采样 / 柔性Exhaustiveness 24 · 受体 5Å 柔性开

预计排队与耗时排队约 2 分钟 · 计算约 18 分钟

任务名称（必填）完成通知邮箱（可选）

排队中…0%

对接结果 · 耐药背景下的可解释证据 Results（示例数据）

按最佳打分排序；同一配体同时对接 WT 与突变体时显示 ΔScore（突变体 − WT），数值越大提示耐药敏感性越高。

配体	最佳打分 (kcal/mol)	引擎	靶点版本	ΔScore	聚类	相互作用
L-01	−9.2	AC	WT	—	C1	氢键 ×3 · π 堆积 ×1
L-01	−7.8	AC	N146K/E150K	+1.4	C2	氢键 ×1
L-02	−8.9	Vina	WT	—	C1	氢键 ×2

引用与复现信息：引擎 Attracting Cavities（2024 版）/ AutoDock Vina 1.2；参数快照 exhaustiveness 24、RIC 8、口袋 P1 坐标 18.2/24.6/9.8；靶点结构来源 PDB 1VQQ；突变体由平台侧链构建 + 局部能量最小化（N146K、E150K）；别构口袋距活性位点约 60 Å。